שלום רב,
מבחינה מיסויית, העובדה שהם מחזיקים דירה באמצעות חברה יכולה לפגוע בהם, שכן לרוב מצד אחד הם יחשבו כמי שבעלי חלקים מסוימים בדירה (למשל - אם יבואו לרכוש דירה נוספת), ומצד שני לא יוכלו לנצל פטורים מסוימים הניתנים רק ליחידים ולא לחברות.
ככלל ולמיטב ידיעתנו, גם בפרויקטים ממשלתיים מתחשבים בדירה המוחזקת בבעלות חברה, כאילו מחזיקים בה בעלי המניות.
לגבי המשכנתה - יש לבדוק העניין מול הוראות בנק ישראל.
בכל מקרה, מומלץ להיוועץ עם עו"ד לגבי השלכות העניין.